A Fonoaudiologia abrange várias áreas como: Linguagem (fala e escrita), Motricidade Orofacial (aspectos e funções das estruturas como língua, lábios, bochechas; funções de respiração, mastigação, sucção; articulação da fala); Voz, Audição e Disfagia (distúrbio de deglutição).
O Fonoaudiólogo na Instituição da APAE realiza terapias com alunos e pacientes que apresentam alterações de fala, linguagem no nível de emissão e compreensão; linguagem escrita; alterações no processo de deglutição não apenas de alimentos mas também de saliva; alterações de mastigação, respiração e sucção.
Além disso este profissional realiza também avaliações de pacientes que são encaminhados para essa instituição; orientações aos familiares dos pacientes atendidos; orientações aos profissionais da área da educação da instituição; orientação quanto a consistência adequada dos alimentos ingeridos pelos alunos e acompanhamento nos momentos de refeição realizados ´pelos mesmos.
Dentro dos pacientes que são atendidos pelo setor de fonoaudiologia, temos os pacientes que apresentam Transtorno do Espectro Autista (TEA) que tem como umas das principais características a dificuldade de comunicação, podendo assim apresentarem distúrbios de linguagem e fala. Desta forma o fonoaudiólogo tem um papel importante na reabilitação desses pacientes, tendo como objetivo promover um melhor desenvolvimento da linguagem e habilidades comunicativas.